Bei zwei ArchivistaBox-Sytemen erfolgt der Abgleich der Datenbanken automatisch. Dies kann nur solange funktionieren, wie beide System normal arbeiten. Sollte ausnahmsweise einmal der Abgleich zwischen dem Master- und dem Slave-Server nicht mehr funktionieren, so kann der automatische Abgleich neu gestartet werden, indem der Master-Rechner neu gestartet wird. Während dem Start werden die beiden Server dann abgegelichen, wobei dabei immer der Master die Daten zum Slave überträgt.
Während dem Abgleich kann nicht mit dem Slave-Rechner gearbeitet werden und beim Master-Rechner besteht der Zugriff nur lesend. Erst nach dem vollständigen Abgleich können auf dem Master neue Daten erfasst werden. Der Abgleich von Archiven kann zwischen einigen Minuten und bis zu einigen Stunden dauern. Während dieser Zeit sollten die ArchivistaBoxen nicht nochmals neu gestartet werden.